蛇有一個(gè)繁殖器官。雄性蛇的交配器是一對(duì)半陰莖，平時(shí)不顯露體外，埋藏在泄殖腔后方而位居尾基腹面的2個(gè)肌質(zhì)的陰莖囊中。陰莖囊由薄層的環(huán)肌構(gòu)成，收縮時(shí)能壓擠半陰莖而使之翻出泄殖腔外，囊的末端藉韌帶聯(lián)接在尾肌上。半陰莖的腹面正中有深凹的精溝，并由其前方分叉至頂端的龜頭。

交配時(shí)，2個(gè)半陰莖同時(shí)從泄殖腔內(nèi)翻出，但是只有一側(cè)的半陰莖插入雌體泄殖腔中；半陰莖的基部與泄殖腔相通，可將順輸精管而下的精液，沿著半陰莖的精溝，注入雌性體內(nèi)。

蛇一般在春季初夏交配，夏季產(chǎn)卵孵化，否則幼蛇沒有足夠時(shí)間積累足夠的脂肪度過(guò)冬眠。9月以后出生的幼蛇，死亡率高達(dá)50%。在南美洲的雨林深處，有一種名為彩虹蟒的蛇類很有代表性。為了緩和蛻皮，彩虹蟒會(huì)分泌一種帶有強(qiáng)烈氣味的體油，在舊皮與新皮間產(chǎn)生潤(rùn)滑。