三角洲基底為揚子準地臺的一部分。喜馬拉雅構造運動中斷沉降。第四紀新構造運動中，地殼和海平面頻繁升降，最后一次大海侵結束后，長江攜帶的泥沙不斷沉積，開始在江口發(fā)育三角洲。

由于科氏力的作用，主江流不斷右偏，使江口沙群依次并入北岸。紅橋期、黃橋期、金 沙期、海門期、北沙期等形成的沙壩、沙洲群，形成今天長江北岸最大的沖積平原城市鹽城，以及邗江、泰興、靖江、如皋、如東、南通、海門、啟東諸縣地。江口附近的崇明、長興、橫沙等沙島，也將按此規(guī)律并入北岸。江口沙嘴也同步延伸。

北岸沙嘴延伸為今三角洲北界，地面高6米至8米。

南岸沙嘴經(jīng)江陰、太倉、外岡、馬橋一線向東延伸，地面高程4、5米至6米左右，與錢塘江北岸相連后達杭州灣。沙嘴內側的淺水海灣被淤封成為古太湖的前身。此后淺水海灣不斷淤淺，逐漸演變?yōu)楹幜_布、河道交錯的低平原。南岸沙嘴外側濱海地區(qū)不斷淤積成濱海平原。

三角洲上散布著一系列海拔100米至300米的殘丘，大部由泥盆系砂巖和石炭、二迭系灰?guī)r構成，少數(shù)由燕山期花崗巖和粗面巖組成。