李瑞清以“嚼得菜根,做得大事”為校訓,“儉樸、勤奮、誠篤”為校風,倡導“匡時而振俗”,主張融會貫通中西之學以造就“中國之培根、笛卡爾”,為近代南京大學大學品風之雛形。
在李瑞清的悉心主持下,兩江師范學堂成為名副其實的江南第一學府。聲譽卓著,學生成績?yōu)榻细鞲咝V?。名師匯集,著名學者如王伯沆、柳詒徵、劉師培、夏敬觀、姚明輝、雷恒、蕭俊賢、鐘鐘山、松本孝次郎皆執(zhí)教于此。培養(yǎng)出了許多著名的學者和專家,如生物學家秉志、教育學家廖世承、戲曲史家陳中凡、藝術教育家呂鳳子。