由于蛋白質(zhì)表面離子化側(cè)鏈的存在，蛋白質(zhì)帶凈電荷。由于這些側(cè)鏈都是可以滴定的（titratable），對(duì)于每個(gè)蛋白都存在一個(gè)pH使它的表面凈電荷為零即等電點(diǎn)。

在等電點(diǎn)時(shí)，蛋白質(zhì)分子以兩性離子形式存在，其分子凈電荷為零(即正負(fù)電荷相等)，此時(shí)蛋白質(zhì)分子顆粒在溶液中因沒有相同電荷的相互排斥，分子相互之間的作用力減弱，其顆粒極易碰撞、凝聚而產(chǎn)生沉淀，所以蛋白質(zhì)在等電點(diǎn)時(shí)，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等電點(diǎn)時(shí)的許多物理性質(zhì)如黏度、膨脹性、滲透壓等都變小，從而有利于懸浮液的過濾。在等電點(diǎn)外的所有其他pH值，依據(jù)蛋白質(zhì)所帶凈電荷采用電泳和離子交換層析來分離和分離純化該蛋白質(zhì)。

等電點(diǎn)沉淀主要應(yīng)用于蛋白質(zhì)等兩性電解質(zhì)的分離提純，還可應(yīng)用于大豆異黃酮的分離：用等電點(diǎn)沉淀法脫去蛋白質(zhì)，可提高異黃酮制品的純度，異黃酮截留率為7.2%，蛋白質(zhì)截留率為91.1%。