大部分的魚都是靠魚鰓呼吸的,當水流經過魚鰓的時候,鰓絲內的血管可以和水完成氣體交換,但是非洲的肺魚可以用魚鰾進行呼吸,使它在離水后也可以存活一段時間,魚類生活也需要氧氣,所以魚在水中利用口和鰓蓋交替開閉,使水不斷從鰓流過,鰓從水中攝取氧并向水中排出二氧化碳,因此,魚類是靠鰓呼吸的;
當魚吸水時,水中的氧氣就跟水一起從它們的嘴進去,當水經過魚鰓片時,水中的氧氣就滲到魚鰓的毛細血管里,但是魚鰓只能分離水中的氧氣,而不能分離出空氣中的氧氣,只有肺才能分離空氣中的氧氣;
所以魚在水中能呼吸自如,而在陸地上會窒息,還有一些魚可以靠皮膚呼吸,如彈涂魚可以用皮膚以及口腔黏膜呼吸,但在曬干前要重新回到水中。