協(xié)議出讓和招拍掛的區(qū)別是：

1、適用范圍不同（土地類別）。

《招標(biāo)拍賣掛牌出讓國有土地使用權(quán)規(guī)定》明確了招標(biāo)拍賣掛牌的范圍，即：商業(yè)、旅游、娛樂和住宅等各類經(jīng)營性用地，必須以招標(biāo)、拍賣或者掛牌方式出讓。除此之外的其他類型用地（主要有：工業(yè)、倉儲、或其他重點(diǎn)扶持的項(xiàng)目用地）可以協(xié)議方式出讓。在政策執(zhí)行概念上可以這樣理解：掛牌出讓為土地出讓的一般方式，協(xié)議出讓是土地出讓的特殊方式。

2、土地使用權(quán)出讓金定價方式不同。

協(xié)議出讓是政府與土地使用者協(xié)商定價的，而掛牌出讓則是社會公開競價。

3、土地出讓最低價的限定原則不同。

協(xié)議出讓土地的最低價不得低于土地有償使用費(fèi)、征地成本以及按照國家規(guī)定應(yīng)當(dāng)繳納的有關(guān)費(fèi)用之和，有基準(zhǔn)地價的，不得低于基準(zhǔn)地價的70%；掛牌出讓的土地其起拍價就是最低價，這個起拍價是根據(jù)土地估價結(jié)果和政府產(chǎn)業(yè)政策等條件綜合評定的。